La EA, al igual que otras enfermedades de su mismo grupo denominadas espondiloartritis, suele iniciarse de forma insidiosa, lenta y gradual, con episodios de dolor en la región sacrolumbar que irradian hacia las nalgas e incluso por la cara posterior del muslo, simulando una ciática. El dolor mejora con la actividad física suave y se intensifica durante la noche contra la madrugada. Por ello no es raro que el enfermo se levante de la cama a primero hora de la mañana y camine unos minutos para aliviarlo, aunque de forma parcial y transitoria. Al levantarse de la cama la movilidad de la columna está generalmente limitada (rigidez) y es dolorosa.
Las áreas donde los tendones ligamentos o fascias musculares se insertan en el hueso denominadas entesis, son también diana del proceso inflamatorio (entesitis). La fascia plantar en su unión al calcáneo (hueso del talón) es la habitual implicada y, a veces, puede constituir el primer síntoma. En la región intercostal, las entesitis pueden simular un dolor pleural o cardiaco.
La mayoría de los casos comienzan entre los 15 y 30 años con predominio de los varones (3-6 por cada mujer). La EA puede inflamar articulaciones de las extremidades de forma asimétrica, irregular, intermitente o persistente, con tendencia a provocar lesiones locales irreversibles. El calor, la hinchazón, el dolor, y la imposibilidad para una normal movilización de la articulación afectada son los principales síntomas.